1）实验室效果很好，大田多点多年试验效果波动巨大；短期效果不等于长期稳态。很多实验只做一季，缺少3‑5年长期定位试验数据。 2）微生物功能冗余问题：有时候某些菌消失，但其他微生物可以接替完成功能；如何区分哪些是不可替代核心关键菌群。 3）尺度放大难题：试管、盆栽结果，很难直接放大到农田、果园地块尺度，微观微生物过程和大田产量品质之间的耦合关系。 4）微生物的生态风险：工程改造微生物释放到土壤之后扩散、基因水平转移，生态安全评估。